研究院采用理事会领导下的院长负责制的体制架构，理事会成员席位制，由中山大学和南昌市政府分别派出相关人员担任。

理事长：

中山大学副校长(分管科研工作)

副理事长：

南昌市人民政府副市长(分管科研工作)

南昌市高新区管委会主任(分管科工作)

理事：

南昌市科技局副局长(分管科工作)
中山大学科学研究院横向处处长(分管科研工作)

中山大学财务与国资管理处处长(分管科研工作)

产业集团(中大控股)董事长(分管科研工作)